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大鼠全基因组微卫星分布特征研究

Distribution Characteristics of Microsatellites in the Rat Genome

摘要大鼠( Rattus norvegicus)一直是医学和药学研究中良好的模式生物,其全基因组是继人和小鼠之后第3个被测定的哺乳动物。利用生物信息学软件对大鼠全基因组1~6 bp不同类型重复微卫星进行搜索及统计,表明大鼠全基因组微卫星序列共1483525个,其序列长度占全基因组的1.41%。大鼠全基因组微卫星分布频率以12号染色体最高,其次是10号染色体,最低的是X性染色体。大鼠微卫星数量与染色体DNA序列长度具有相关性( r=0.978,P<0.0001),微卫星分布具有随机性。大鼠全基因组不同重复类型微卫星表现为二碱基(46.9%)>单碱基(22.6%)>四碱基(17.7%)>三碱基(8.4%)>五碱基(2.4%)>六碱基(2.0%),单碱基、二碱基、三碱基、四碱基、五碱基、六碱基优势微卫星类型分别是A、AC、AGG、AAAC、AAACA、ACAGAG。本研究为大鼠全基因组微卫星筛选及进一步的研究提供数据支持。

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