换一批
换一批双特异性抗体杵臼结构的分子动力学研究
Knobs-into-holes structure of bispecific antibody based on molecular dynamics simulation
摘要目的 分析双特异性抗体杵臼结构(knobs-into-holes,KIH)的稳定性及异源重链二聚化的结合效率,为设计出更稳定的双特异性抗体奠定基础.方法 采用分子动力学模拟和泊松玻尔兹曼面积(molecular mechanics-Poisson Boltzmann surface area,MM-PBSA)方法分析KIH结构的稳定性并计算结合自由能,将其与标准结构CH3野生型(wild-type,WT)进行对照比较,并通过SDS-PAGE和银染技术观察二者的结合效率.结果 在355 K温度下CH3 WT均方根偏差(root-mean-square deviation,RMSD)涨落小于1.0 (A),CH3 KIH波幅超过2.0 (A),主要是由于KIH knob部分3-27、45-52、70-80位氨基酸缺乏稳定性.WT和KIH中重链结合自由能分别为79.864 9 kJ/mol、107.008 2 kJ/mol,KIH的结合自由能更高,不利于两重链的结合.进一步计算结合面氨基酸结合能,找到了KIH中对结合作用贡献较小的10个氨基酸残基.银染观察KIH异源重链正确结合效率不足80％,远低于WT.结论 本研究发现双特异性抗体KIH结构的稳定性和重链结合效率均不如WT,并确定了KIH中缺乏稳定性和对结合作用贡献较小的氨基酸残基.
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