基于TCGA数据集分析LINC00900在甲状腺乳头状癌中的表达及临床意义
Expression and clinical significance of LINC00900 in thyroid papillary carcinoma based on TCGA dataset
摘要目的 研究甲状腺乳头状癌(PTC)中长链非编码 RNA00900(LINC00900)的表达与患者临床病理特征及预后的关系.方法 利用美国癌症基因组图谱(TCGA)数据库收集 PTC 数据资料,下载基因表达谱资料和PTC临床病例信息资料.比较PTC癌组织和癌旁甲状腺组织中LINC00900 的表达.分析LINC00900表达与患者临床病理特征的关系.绘制Kaplan-Meier生存曲线分析LINC00900 表达与PTC患者生存时间的关系.通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)预测与 LINC00900 相关的蛋白编码基因(PCGs),利用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)在线注释工具对筛选出的 PCGs 进行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析.结果 LINC00900 在 PTC 癌组织的表达水平显著高于癌旁正常甲状腺组织(P<0.001).不同年龄、病理T分期、组织学类型PTC患者的 LINC00900 表达水平比较,差异均有统计学意义(P<0.05);≥55 岁PTC患者LINC00900 表达水平明显低于<55 岁组(P<0.01);T3~T4 期PTC患者的LINC00900 表达水平明显低于 T1~T2 期(P<0.01);高细胞亚型 PTC 患者 LINC00900 表达水平低于经典型、滤泡型和其他型(P<0.01).Kaplan-Meier 生存曲线结果显示,LINC00900 高表达组 PTC 患者的生存率明显高于低表达组(Log-rankχ2=6.691,P<0.05).功能富集分析结果显示,LINC00900 可能通过核小体装配、mRNA的剪接、组蛋白 H3 甲基化的修饰、染色体绑定、组蛋白乙酰转移酶调节因子活性调节、鞘氨醇-1-磷酸磷酸酶活性调节、黏蛋白型 O-聚糖生物合成等通路影响PTC的进展及预后.结论 在PTC中,LINC00900高表达是一种预后保护因素,可作为辅助判断PTC预后的有效生物标志物之一.
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