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Prediction of GPCR-G Protein Coupling Specificity Using Features of Sequences and Biological Functions

摘要Understanding the coupling specificity between G protein-coupled receptors (GPCRs) and specific classes of G proteins is important for further elucidation of receptor functions within a cell. Increasing information on GPCR sequences and the G protein family would facilitate prediction of the coupling properties of GPCRs. In this study, we describe a novel approach for predicting the coupling specificity between GPCRs and G proteins. This method uses not only GPCR sequences but also the functional knowledge generated by natural language processing, and can achieve 92.2% prediction accuracy by using the C4.5 algorithm.Furthermore, rules related to GPCR-G protein coupling are generated. The combination of sequence analysis and text mining improves the prediction accuracy for GPCR-G protein coupling specificity, and also provides clues for understanding GPCR signaling.

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作者单位 Laboratory of Bioinformatics, Otsuka Pharmaceutical Co., Ltd., Kawauchi-cho, Tokushina 771-0192, Japan [1]
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发布时间 2007-04-24(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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基因组、蛋白质组与生物信息学报(英文版)

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