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A Modified Ant Colony Optimization Algorithm for Tumor Marker Gene Selection

摘要Microarray data are often extremely asymmetric in dimensionality,such as thou-sands or even tens of thousands of genes but only a few hundreds of samples or less.Such extreme asymmetry between the dimensionality of genes and samples can lead to inaccurate diagnosis of disease in clinic.Therefore,it has been shown that selecting a small set of marker genes can lead to improved classification accu-racy.In this paper,a simple modified ant colony optimization (ACO) algorithm is proposed to select tumor-related marker genes,and support vector machine (SVM) is used as classifier to evaluate the performance of the extracted gene subset.Ex-perimental results on several benchmark tumor microarray datasets showed that the proposed approach produces better recognition with fewer marker genes than many other methods.It has been demonstrated that the modified ACO is a useful tool for selecting marker genes and mining high dimension data.

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作者单位 College of Computer Science and Technology,Harbin Engineering University,Harbin 150001,China. [1]
分类号 Q5
栏目名称 Method
DOI 10.1016/S1672-0229(08)60050-9
发布时间 2010-04-09
基金项目
国家自然科学基金 中国博士后基金 Science and Technology Special Foundation for Young Researchers of Heilongjiang Province of China
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基因组蛋白质组与生物信息学报(英文版)

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