换一批杨树基因组中染色体基因丰度分化及EST序列对基因覆盖度的检测
Differentiation of Gene Richness on Duplicated Chromosomes and Survey of Genes Captured by ESTs in Poplar Genome
摘要高等植物基因组中,大部分序列为非表达序列,基因序列所占的比例很小,了解基因在基因组中的分布是研究基因组结构的一个重要方面.在美国能源部资助下,一个毛果杨无性系的基因组测序已经完成并对公众发布.杨树全基因组序列的完成,为我们了解林木基因组中基因的分布提供了一个特例.在本文中,我们利用泊松分析对杨树基因组中基因在各个染色体上的密度进行了检测,结果表明杨树基因组中各条染色体的基因含量存在显著差异.杨树全基因组测序项目揭示现代杨树基因组起源于一次古全基因组复制事件(称为杨柳科基因组复制),所以杨树基因组不同染色体间存在很大的同源复制片段.但是我们的研究显示,杨树基因组中大多数高度同源的染色体上基因的密度与染色体间的同源性没有明显关系,这说明杨柳科全基因组复制事件后,各个高度同源染色体上的基因发生了流失,且基因流失的速率是不一样的.同时本文还对近九万条毛果杨EST序列进行了比对分析,结果显示这些EST序列覆盖的基因仅占杨树基因组中基因总数的16.8%左右.EST测序虽然是发现基因的一个重要手段,但小规模EST测序对基因的覆盖度很低,所以小规模EST测序的应用价值是有限的.
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关键词
杨树基因组基因分布EST对基因覆盖度杨柳科基因组复制事件Poplar genomeGene distributionEST coverageSalicoid duplication event
分类号
S7
DOI
10.3969/gab.029.000570
发布时间
2010-09-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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