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HMMER及同源比对预测大豆病程相关蛋白

Prediction of Pathogenesis Related Protein in Soybean Using HMMER and BLAST

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摘要病程相关蛋白(pathogenesis related proteins,PRs)是病理或病理相关环境下诱导产生的一类蛋白,它的产生与积累是植物体应答生物或非生物胁迫的主要特征之一.近年来大量PR蛋白被鉴定,根据它们的结构特征,生物功能以及进化关系等将PR蛋白分为14个家族.然而,在重要的粮食和油料作物的大豆中发现的PR蛋白却很少,本文通过搜索拟南芥、水稻、玉米以及豆科植物所有的已有的PR蛋白,根据其保守结构域利用BLAST程序和HMMER程序同时预测大豆中可能存在的PR蛋白,通过两种方法的预测和比较整合,共得到大豆9个家族的36个PR蛋白序列.并对它们的连锁群分布、基因结构、基因长度及进化关系进行了详细的分析.发现PR家族成簇分布于Gm05、Gm10、Gm13、Gm15、Gm17、Gm19和Gm20等几个连锁群,基因普遍存在序列较短,大部分都小于1 000 bp,且内含子数目较少,结构相对简单的特点.在PR4家族中,其家族成员亲缘关系都非常相近,而PR1-4和PR1-3等与该家族其它成员亲缘关系较远的情况.本研究结果预测的PR蛋白为大豆抗病育种以及抗病基因工程研究提供了良好的基础,同时为大豆中其它家族基因预测研究以及其它物种基因家族研究提供参考方法.

作者王晶 ^[1] 张丽伟 ^[2] 刘春燕 ^[3] 李玉花 ^[4] 陈庆山 ^[2] 胡国华 ^[2] 学术成果认领

作者单位黑龙江省农垦科研育种中心,哈尔滨,150090;东北林业大学生命学院,哈尔滨,150040 ^[1] 黑龙江省农垦科研育种中心,哈尔滨,150090;东北农业大学农学院,哈尔滨,150030 ^[2] 黑龙江省农垦科研育种中心,哈尔滨,150090 ^[3] 东北林业大学生命学院,哈尔滨,150040 ^[4]

医学主题词蛋白(Egg White)黄豆(Soybeans)预测(Forecasting)基因(Genes)马(Horses)

分类号 S435.651

栏目名称

研究论文

DOI 10.3969/gab.030.000649

发布时间 2012-03-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

基金项目

国家自然科学基金（30971809）