换一批黄瓜绿斑驳花叶病毒湖南邵阳株系基因组MP片段的测定及生物信息学分析
Bioinformatics Analysis of MP Gene Sequence of Cucumber Green Mottle Mosaic Virus Shaoyang Isolate
摘要本文运用RT-PCR方法克隆了黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus, CGMMV)湖南邵阳株系的基因组MP (CGMMV-HuNSY movement protein)片段，测序并进行了分析。结果显示，片段全长共有803 bp (KC684977)，编码由264个氨基酸组成的蛋白质，推测分子量约28.87 kD，理论等电点pI为9.06，ProtParam预测显示为不稳定蛋白，与已报道的辽宁分离物病毒的MP作比较，核苷酸相似性为99.6%，氨基酸相似性为98.9%；湖南邵阳株系CGMMV MP蛋白无高度卷曲螺旋部位，有跨膜结构区域，该部位表现为疏水性，可能为蛋白互作位点；磷酸化位点均匀分布于整个多肽链中，存在5个主要的B细胞抗原表位预测位点；对烟草花叶病毒属病毒MP氨基酸序列进行了motif查找，发现了该属病毒氨基酸序列的3个保守区段，还进行了密码子偏向性分析。此外，发现了1个酰胺化位点和1个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点，可能与病毒的侵染机制有关。
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关键词
黄瓜绿斑驳花叶病毒RT-PCR测序生物信息学分析Cucumber green mottle mosaic virusRT-PCRSequencingBioinformatics analysis
DOI
10.3969/gab.032.000325
发布时间
2013-07-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家科技支撑计划（2012BAD15B04-1）
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