基于16S rRNA序列分析红耳龟肠道拟杆菌和厚壁杆菌菌群多样性

16S rRNA-Base Analysis of Bacteroidetes and Firmicutes Diversity in the Microbial Flora of the Red-eared Slider (Trachemys scripta elegans) Intestinal Tract

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摘要脊椎动物肠道内定植了大量的微生物群落，在正常肠道菌群中，拟杆菌菌群和厚壁杆菌菌群作为优势菌群存在，对宿主的生理健康起着重要的作用。为了更好地了解外来入侵物种红耳龟的肠道拟杆菌和厚壁杆菌菌群多样性组成，本研究提取3只成体红耳龟粪便的宏基因组DNA，利用最新的Roche 454测序技术对样本菌群的16S rRNA基因V3~V5区域进行测序。测序结果显示拟杆菌菌群为2纲5科11属，其中拟杆菌纲(98.82±1.24)%是绝对优势菌群；厚壁杆菌菌群被鉴定为3纲11科38属，主要由梭菌纲(95.81±0.88)%构成。此外，测序还检测到大量未知的拟杆菌类群(4.38±1.64)%和厚壁杆菌类群(14.96±8.15)%。本研究表明成体红耳龟粪便中拟杆菌菌群和厚壁杆菌菌群具有多样性。基于16S r RNA基因的Roche 454测序分析可以很好地揭示肠道菌群的组成结构。