换一批
换一批摘要常规的应用计算机软件注释基因存在缺陷,目前对基因组的准确注释依然是一项富有挑战性的任务,本研究旨在应用蛋白质基因组学(proteogenomics)方法完善福氏志贺菌的基因组注释.提取福氏2a志贺菌301株(Sf2a301)的全菌蛋白,胰蛋白酶水解的肽混合物经二维液相色谱分离、在线ESI串联质谱分析,质谱数据检索Sf2a301的6个读码框数据库,鉴定结果进一步经过生物信息学分析和实验验证.本研究共验证了729个Sf2a301已注释基因的蛋白编码产物,鉴定蛋白在分子量、等电点和疏水性等理化性质方面的分布与Sf2a301基因组己注释蛋白的趋势一致.共发现了6个未注释的新基因,新基因得到了RT-PCR在转录水平上的进一步验证.蛋白质基因组学能够有效的完善志贺菌的基因组注释,不仅验证了已注释基因,而且能够发现新的基因补充其原有基因组注释库,这种策略有望被推广到其他经过测序的生物体基因组注释工作中.
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DOI
10.13417/j.gab.035.001437
发布时间
2016-07-28
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