基于RNA-Seq的甘蔗主茎和分蘖茎转录组建立及初步分析

Establishment and Preliminary Analysis on Transcriptome of Sugarcane between Stalk and Tiller Based on RNA-Seq Technology

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摘要本研究以甘蔗与斑割复合体杂交F1代中1个株系在主茎和分蘖茎的节间长度存在明显差异的植株为实验材料,利用RNA-seq测序技术对甘蔗主茎(节间短)和分蘖茎(节间长)叶片样品RNAs进行了转录组测序并进行从头组装分析.结果表明,共获得测序数据量11.16 Gb,其中甘蔗主茎(BG-stalk)为5.67 Gb,分蘖茎(BG-tiller)为5.49 Gb.去冗余后,de novo组装得到69 204条Unigene,并对这些Unigene进行七大功能数据库(NR,NT,GO,COG,KEGG,Swissprot和Interpro)注释,结果发现,有83.73％ (57 942条)的Unigene得到注释,16.27％ (11 262条)的Unigene未被注释.所有的Unigene共有9 156个SSR (simple sequence repeat)位点,其中三核苷酸重复最多、四核苷酸重复最少,且CCG/CGG出现的频率最高.差异表达基因分析显示,分蘖茎(BG-tiller)样品表达的上调基因有1 842个,下调基因的有2 663个.进一步对这些差异表达基因进行GO和Pathway功能分类分析,分别获得57个功能小组和19条生物通路.本研究对甘蔗主茎和分蘖茎叶片转录组信息进行初步分析,获得了分蘖茎表达上调和下调的差异基因,为后面进一步分析调控甘蔗节间长短差异的基因及挖掘甘蔗分蘖生育调控相关基因提供数据参考.

作者 丘立杭 ^[1] 罗含敏 ^[2] 陈荣发 ^[1] 黄杏 ^[1] 陈忠良 ^[1] 范业赓 ^[1] 陈栋 ^[3] 李杨瑞 ^[1] 吴建明 ^[1] 学术成果认领

作者单位农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室,广西甘蔗遗传改良重点实验室,南宁,530007;广西壮族自治区农业科学院甘蔗研究所,南宁,530007;中国农业科学院甘蔗研究中心,南宁,530007 ^[1] 农业部广西甘蔗生物技术与遗传改良重点实验室,广西甘蔗遗传改良重点实验室,南宁,530007;广西壮族自治区农业科学院甘蔗研究所,南宁,530007 ^[2] 来宾市食品药品监督管理局来宾市食品药品检验检测中心,来宾,546100 ^[3]

关键词甘蔗(Saccharum officinarum L.)RNA-Seq 转录组 Unigene SSR 差异表达基因

栏目名称

植物组学与功能基因

DOI 10.13417/j.gab.037.001271

发布时间 2018-06-07

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