斑点叉尾鮰全基因组完整型微卫星生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of Perfect Microsatellite in the Whole Genomes of Channel Catfish, Ictalurus punctatus

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摘要本研究通过生物信息学方法对斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)全基因组中完整型微卫星序列进行了筛选,并对其分布规律进行了分析.斑点叉尾鮰全基因组中,共筛选出678681个完整型的微卫星,总长度15.8 Mb,占基因组序列总长的2.25％,相对丰度963 loci/Mb.六种微卫星重复类型中,二碱基重复最多,共341143个,占微卫星总数的50.27％,之后依次为单碱基(152700个,22.50％)、四碱基(94956个,13.99％)、三碱基(80951个,11.93％)、五碱基(7765个,1.14％)和六碱基(1166个,0.17％).基因组中重复数前十的微卫星类别分别为:GT/AC,A/T,AG/CT,AT,ATT/AAT,ATTT/AAAT,C/G,GTTT/AAAC,AGAT/ATCT和ACT/AGT.斑点叉尾鮰29条染色体中,13号染色体所含微卫星数目最多(39089个),16号染色体所含微卫星数目最少(10692个),微卫星数量与其所在染色体DNA序列长度呈显著正相关.同时,16号染色体微卫星出现频率最高(1478 loci/Mb),3号染色体微卫星出现的频率最低(713 loci/Mb),微卫星频率与其所在染色体DNA序列长度也呈显著正相关.本研究为斑点叉尾鮰微卫星标记的开发、遗传分析和分子育种奠定了基础.