换一批基于子块矩阵马尔可夫聚类识别动态蛋白质相互作用网络功能模块
Identifying Functional Modules in Dynamic Protein-protein Interaction Networks Using Subblock Matrix-based Markov Clustering
摘要细胞生物过程具有时序动态性,蛋白质功能模块是驱动细胞生物过程的功能单位.为了蛋白质功能模块识别,本文将细胞生物过程建模为动态时序表达相关蛋白质相互作用网络(DTEPIN);构建子块矩阵以表示动态时序表达相关蛋白质相互作用网络;利用子块矩阵特殊性,分析时空复杂度和并行性;优化设计马尔可夫聚类算法,以识别动态时序表达相关蛋白质相互作用网络中的蛋白质功能模块.为了支持基于子块矩阵马尔可夫聚类过程,本文运用图形处理器并行计算矩阵乘积.实验结果表明,与已有同类算法相比,所设计算法识别的蛋白质功能模块,统计匹配质量更高且精确匹配数量更多.
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关键词
蛋白质功能模块蛋白质-蛋白质相互作用动态时序表达马尔可夫聚类GPU并行计算Protein functional moduleProtein-protein interactionDynamical and temporal expressionMarkov clusteringGPU par-allel computing
栏目名称
DOI
10.13417/j.gab.043.000217
发布时间
2024-04-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（62362004）
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