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单细胞水平解析早期糖尿病肾病免疫细胞间的相互作用

Single-cell RNA-Seq Analysis Identifies Renal Immune Cell-cell Interactions in Early Diabetic Kidney Disease

摘要为探究影响小鼠糖尿病肾病(diabetic kidney disease,DKD)进展的免疫细胞及细胞间相互作用,本研究应用CellChat软件对单细胞RNA测序(single-cell RNA-sequencing,scRNA-Seq)数据进行分析.预测在早期DKD肾脏免疫细胞中,作为CCL、MIF和CXCL三个主要的信息流之一的MIF信号显著降低,主要表现在Mif及其受体基因Cd44、Cxcr4和Cxcr2的表达降低;同时,F13a1+巨噬细胞不再响应MIF信号.早期DKD肾脏中,F13a1+巨噬细胞是细胞间相互作用数量和强度变化最大的免疫细胞.F13a1+巨噬细胞信号配体表达的改变导致细胞间信号ANGPTL、IL2和IL16消失以及KIT和PROS信号出现.值得注意的是,在早期DKD肾脏中,F13a1+巨噬细胞显著降低了与免疫细胞活化相关的转录因子基因Etv1(ETS variant transcription factor 1)的表达.采用基因集富集功能分析(gene set enrichment analysis,GSEA)法对差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的功能研究发现,早期DKD肾脏中F13a1+巨噬细胞的趋化因子媒介的信号通路、免疫反应和髓系白细胞媒介的免疫等生物过程下调;而免疫反应的激活、吞噬作用和造血祖细胞分化等生物过程上调.应用饮食诱导的糖尿病小鼠肾脏验证发现,除KIT信号外,以上结果均有良好复现性.本研究揭示F13a1+巨噬细胞可能通过降低Etv1的表达调节其免疫相关活性,并通过改变MIF信号以及TSLP-(IL7R+CRLF2)、IL16-CD4、ANGPTL4-SDC3/4和PROS1-AXL配体-受体的相互作用调控F13a1+巨噬细胞与免疫细胞间的通信,从而在小鼠DKD的发生发展中发挥关键作用.

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