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基于亚细胞水平RNA-seq鉴定RIDD潜在靶基因

Identification of Potential RIDD Target Genes Using Subcellular RNA-seq

摘要RIDD(regulated inositol-requiring enzyme 1 dependent RNA decay,受调控的肌醇需求酶1依赖性的 RNA 降解)是内质网应激传感器IRE1(inositol-requiring enzyme 1,肌醇需求酶1)的RNA内切酶活性的表现形式之一.RIDD与细胞命运密切相关,参与调控细胞分化、脂质和糖类代谢以及炎症反应等.因此,明确RIDD靶基因及其生理意义对于疾病机制解析、新靶点发现和新疗法开发具有重要意义.然而,当前的RIDD靶基因研究尚存在诸多问题,新的靶基因有待发现.本研究基于亚细胞水平RNA-seq,设置了三个筛选RIDD潜在靶基因的标准:(1)内质网应激后,细胞质中特异性下调的基因;(2)在内质网膜胞质侧富集表达的基因;(3)具有一致序列CUGCAG且能形成茎环结构的基因.最终,本研究鉴定出128个RIDD潜在靶基因.相较于其他研究,本研究聚焦于内质网膜胞质侧RNA的序列依赖性的降解,排除了转录水平变化和其他RNA降解机制等因素的干扰.这些潜在靶基因除富集于细胞分裂相关通路外,还与Wnt(wingless-related integration site,无翅整合相关位点)信号通路密切相关.该发现有助于阐明内质网应激调控Wnt信号通路的机制,并有望为Wnt活动异常相关癌症的治疗提供新靶点及新思路.

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栏目名称
DOI 10.13417/j.gab.043.001499
发布时间 2024-11-07(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
基金项目
国家自然科学基金(32170653)
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基因组学与应用生物学

基因组学与应用生物学

2024年43卷9期

1499-1509页

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