摘要为挖掘影响宁蒗高原鸡(Gallus gallus domestica)胫发育的信号通路和关键基因,本研究采集第6周龄(6W组)、12周龄(12W组)和18周龄(18W组)健康母鸡跖骨生长板组织进行转录组测序,筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEGs)并随机选取6个基因进行实时荧光定量PCR(real time quantitative PCR,RT-qPCR)验证.通过KEGG通路分类、KEGG和GO富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络可视化分析,以及cytoHubba插件中的最大权团中心度(maximal clique centrality,MCC)、最大邻域分量密度(density of maximum neighborhood component,DMNC)和最大邻域分量(maximum neighborhood component,MNC)等3种算法,筛选出参与宁蒗高原鸡胫发育的候选信号通路和关键基因.结果表明,12W vs 6W组得到66个DEGs,上调DEGs 15个,下调DEGs 51个;18W vs 6W组得到1 814个DEGs,上调 DEGs 768 个,下调 DEGs 1 046 个;18W vs 12W 组得到 2 044 个 DEGs,上调 DEGs 1 049 个,下调 DEGs 995 个.6个基因的mRNA相对表达量变化趋势与转录组测序结果一致,表明测序结果可信.KEGG通路分类筛选出312个与生长发育相关的DEGs,KEGG富集分析进一步得到105条信号通路(P＜0.05),GO富集分析表明信号转导、ATP结合、细胞外间隙和细胞外区域等条目被显著富集(P＜0.05).综合KEGG和GO富集分析结果,得到15条信号通路和164个DEGs,PPI进一步分析筛选出可能参与宁蒗高原鸡胫发育的信号通路,根据表达量聚类和cytoHubba插件算法,得到调控胫发育的关键基因.本研究筛选到Wnt、TGF-β、PI3K-AKt、ECM-受体相互作用、细胞周期、黏着斑和刺猬共7条信号通路,以及IHH、COL9A1、COL6A2、FGF7、HGF和WNT4等6个基因为影响宁蒗高原鸡胫发育的候选信号通路和关键基因;并且IHH、COL9A1和WNT4基因在胫发育前期发挥作用,FGF7、HGF和COL6A2基因主要在胫发育后期发挥作用,IHH基因为影响宁蒗高原鸡胫发育的核心基因.该研究为探讨宁蒗高原鸡胫发育的分子机制提供理论支撑.