换一批摘要为了深入挖掘肉果草属(Lancea)物种全长转录组信息,筛选其物种间差异表达基因,本研究对肉果草属物种进行PacBio Sequel 高通量测序,利用生物信息学方法进行基因注释、结构分析和物种间差异表达基因分析.共获得肉果草属全长转录组 58 392 条高质量转录本,其中 57 690 条被 NR、NT、Pfam、KOG/COG、Swiss Prot、KEGG、GO 数据库成功注释;GO数据库成功注释 41 515 条转录本,被分成生物学过程、细胞组分和分子功能 3 大类,其中结合物和催化活性功能占主导地位;KEGG 数据库有48 354 个转录本被注释到 46 条途径,12 263 个被注释到代谢通路,占比15.89%;此外预测到 4 408 个转录因子、63 069 个 SSR,528 条 LncRNA.在粗毛肉果草(L.hirsuta)和肉果草(L.tibetica)中筛选得到 5 532 个差异表达转录本,其中上调表达 3 938 个,下调表达 1 549 个,GO 富集分析注释到分子功能最多;KEGG 富集到 118 条代谢通路,单萜类生物合成富集程度最高,且粗毛肉果草中差异表达的 18 个关键基因,均参与萜类骨架的生物合成途径.本研究首次使用三代测序技术对肉果草属进行全长转录组分析,筛选出了物种间代表性的差异表达基因,研究结果为肉果草属生长发育机制、代谢调控、物种适应性进化及遗传多样性分析等研究提供基础.
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关键词
肉果草属全长转录组三代测序差异表达基因LanceaFull-length transcriptomeThird-generation sequencingDifferentially expressed genes
栏目名称
DOI
10.13417/j.gab.044.000252
发布时间
2025-04-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（32170214）
中国科学院“西部之光”人才培养引进计划（xbzglzb2022030）
中国科学院-青海省人民政府三江源国家公园联合研究专项（LHZX-2022-03）
西宁市重大科技专项（2023-Z-13）
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