基于基底膜相关基因评估肺腺癌的免疫特征
Evaluation of Immune Characteristics of Lung Adenocarcinoma Based on Base-ment Membrane-related Genes
摘要肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)是人类主要的恶性肿瘤之一,肿瘤细胞突破基底膜(basement membrane,BM)引起肿瘤侵袭是决定LUAD预后的关键因素.本研究旨在识别与BM相关的基因特征,以改善LUAD的整体预后.从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中下载LUAD样本的基因表达数据和相应的临床信息.基于BM相关基因构建预后模型,采用Kaplan-Meier(K-M)生存曲线评估高风险组和低风险组患者的预后.通过列线图构建、功能富集、肿瘤免疫微环境分析和小分子药物预测等方法,深入探讨BM相关基因特征在LUAD中的作用.从TISCH2 数据库中获取了5 名LUAD患者的单细胞数据,并进行BM相关特征的验证和细胞来源探索.本研究构建了一个基于 10 个BM相关基因的预后模型,K-M生存分析表明,高风险评分的LUAD患者预后较差.进一步的单变量和多变量Cox回归分析确定了BM风险评分是LUAD患者的独立预后因素.此外,列线图也展示出BM风险评分能够对LUAD患者进行精确的风险分层.京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)、基因本体论(gene ontology,GO)和基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)的结果显示,高风险组中的特征基因在免疫相关通路中富集,并与免疫检查点呈正相关.在单细胞数据中,发现LAD1 在多种细胞中表达,特别是在恶性细胞中高表达.本研究发现了一种基于BM相关基因的LUAD预后指数,该指数可以对患者进行分层,从而更好地选择可能从免疫疗法中受益的个体.
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