换一批中国猪瘟病毒的遗传进化及时空传播分析
Genetic Evolution and Spatiotemporal Transmission Analysis of the Classical Swine Fever Virus in China
摘要为深入了解中国地区猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)E2 基因的遗传进化特征及其时空传播规律,本研究系统开展了基因重组、基因选择压力、系统发育、种群动态及地理传播等分析.从NCBI数据库获取 1994～2024 年间中国地区 348 条非疫苗株CSFV E2 基因序列,通过RDP4 检测重组事件,通过DnaSP计算基因选择压力及遗传分化的各项指标,通过IQ-TREE构建最大似然系统发育树,通过BEAST估算病毒在中国的起源及分化时间,并结合SpreaD3 进行贝叶斯地理传播分析.结果显示,348 条CSFV E2 序列中有1 条存在显著重组信号;我国CSFV E2 基因受负向选择压力,即该基因存在纯化选择作用;我国CSFV E2 基因具有较高的基因多样性,且遗传分化程度高,群体间流动性低;我国CSFV的优势基因型为 2.1b和 2.1c;我国CSFV的共同祖先(the most recent common ancestor,TMRCA)可以追溯到 1902 年以前;CSFV在国内随时间经历了多次分化事件,距离系统发育树根部最近的毒株来源于广西,后验概率为1;CSFV在国内存在多条传播路径,甘肃省最可能成为CSFV在中国各省区传播过程中的重要枢纽.本研究表明,我国流行的CSFV呈现基因型多样性特征,以2.1b、2.1c型为主流,同时该病毒具有起源早、分布广、进化快、分化高等特性,这对E2 基因及猪瘟分子流行病学的深入研究具有重要价值.
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关键词
猪瘟病毒(CSFV)E2基因遗传进化时空传播Classical swine fever virus(CSFVE2 geneGenetic evolutionSpatiotemporal transmission
栏目名称
DOI
10.13417/j.gab.045.000165
发布时间
2026-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（32360869）
广西自然科学基金项目（2025GXNSFAA069858）
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