基于脂质代谢相关转移风险基因的肝细胞癌患者预后预测模型的构建
Construction of a predictive model for the prognosis of patients with hepatocellular carcinoma based on lipid metabolism-related metastasis risk genes
摘要目的 基于相关数据库分析筛选肝细胞癌(HCC)脂质代谢相关转移风险基因,并联合其他临床危险因素构建患者的预后预测模型.方法 应用R软件从GEO数据库中获得原发性和转移性HCC患者的差异表达基因(DEGs),并筛选与患者预后相关的DEGs.将TCGA数据库中的HCC患者通过层次聚类分为两组,评估两组患者EMT评分、脂质代谢水平和预后.应用ICGC数据库中的数据再次对上述分析进行验证.应用LASSO回归模型筛选脂质代谢相关转移风险基因并进行风险评分,通过风险评分中位数分别将TCGA和ICGC数据库中HCC患者分为高、低危组,并分析患者的预后.应用单因素和多因素Cox回归分析获得影响HCC患者预后的独立危险因素,并构建列线图预后模型.采用Western blot和油红O染色检测应用脂质代谢抑制剂Fatostatin后Huh7细胞脂质代谢的情况;采用qPCR技术检测Huh7细胞中脂质代谢相关转移风险基因表达水平.结果 从GEO数据库中获得原发性和转移性HCC患者的DEGs共159个,其中65个DEGs与HCC患者的OS显著相关.通过EMT评分将TCGA数据库中聚类所得的两组HCC患者分别定义为高、低转移风险组.高转移风险组患者脂质代谢评分更高,OS更短.在ICGC数据库中验证的结果与TCGA数据库一致.应用LASSO回归模型筛选出脂质代谢相关转移风险基因,高危组OS更短.将脂质代谢相关转移风险基因与影响HCC患者预后的独立危险因素相结合,构建预后预测列线图模型.细胞实验证实,应用Fatostatin后,Huh7细胞的脂肪酸合酶表达降低,细胞内脂滴含量减少,多种脂质代谢相关转移风险基因表达发生变化.结论 基于数据库分析获得了 13个脂质代谢相关转移风险基因,将这些基因和临床危险因素联合构建了 HCC患者的预后预测模型,并通过细胞实验初步验证了脂质代谢相关转移风险基因与脂质代谢密切相关.
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