换一批
换一批基于转录组数据的荔枝蒂蛀虫SSR位点信息分析
Analysis of SSR loci in transcriptome database of Conopomorpha sinensis Bradley(Lepidoptera:Gracilariidae)
摘要荔枝蒂蛀虫Conopomorpha sinensis Bradley是专一性危害我国荔枝和龙眼的重要害虫.简单重复序列标记(Simple sequence repeat, SSR)为短串联重复序列或微卫星标记,其在荔枝蒂蛀虫偏嗜选择寄主的遗传进化机制研究和荔枝蒂蛀虫综合治理中具有重要意义.本研究基于高通量测序获得的荔枝蒂蛀虫转录组数据,利用MISA软件从68996条转录组unigenes结果中发掘出10521个SSR位点,出现频率为15.25%.荔枝蒂蛀虫转录组中SSR的主要重复类型为单碱基重复,占SSR总数的66.22%.其次是三碱基重复,占SSR总数的24.94%.在发现的33种重复基元中共筛选获得8种优势重复基元,其中A/T在单碱基重复基元中所占的比例达98.55%.基于筛选的SSR设计的9对引物中,有4对引物得到扩增预期大小的条带.荔枝蒂蛀虫SSR位点的信息分析将为探究荔枝蒂蛀虫种群遗传结构、遗传多样性和进化关系、害虫综合治理等提供重要科学依据.
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关键词
荔枝蒂蛀虫转录组简单重复序列重复类型重复基元Conopomorpha sinensis Bradleytranscriptome analysissimple sequence repeat(SSR)repeat typemotif type
栏目名称
果树害虫专栏
DOI
10.3969/j.issn.1674-0858.2017.06.5
发布时间
2018-01-13
基金项目
国家自然科学基金
广东省科技计划项目
广州市科技计划项目
广东省科学院优秀青年科技人才基金项目
广东省科学院科技发展专项
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