优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中 SSR位点鉴定、特征及分布规律

Identification, characteristics and distribution of SSR loci in the transcriptome and genome skimming of Gampsocleis gratiosa ( Orthoptera:Tettigoniidae)

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摘要优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫.简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究.本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15042和40611个SSR位点.转录组中,双碱基型最为丰富5444个(36.19％),其次为单碱基型4785个(31.81％)和三碱基型4273个(28.41％),而四碱基型514(5.83％)和五碱基型26(0.33％)极少,没有发现六碱基型.基因组浅层测序结果中,以三碱基型(38.89％)和四碱基型(38.43％)最为丰富,单碱基型(10.34％)和双碱基型(11.72％)次之,五碱基型(0.54％)和六碱基型(0.08％)最少.基因组浅层测序结果中SSR位点的密度为876.20个/Mb,约为转录组143.06个/Mb的6倍.利用primer3_2.2.3搜索发现优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中侧翼序列满足设计引物条件的完整型SSR位点数分别为9969个(70.18％)和21437个(67.75％).本研究加深了对优雅蝈螽基因组的认识和了解,并为下一步大量开发和筛选高质量微卫星标记提供数据支持.