换一批
换一批褐飞虱EST资源的微卫星信息分析
Analysis of microsatellite information in EST resource of Nilaparvata lugens(Homoptera: Delphacidae)
摘要表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)是开发微卫星标记的一个重要的资源.褐飞虱Nilaparvata lugens (St(a)l)EST序列的公布为开发EST-SSRs提供了宝贵的数据资源,本研究利用生物信息学对NCBI公共数据库中的37 398条褐飞虱ESTs序列进行EST-SSRs特征分析,得到全长为7 619.324 kb的无冗余EST 9 852条.按照3个不同的查找标准在这些序列中搜索SSR.查找结果显示:褐飞虱EST-SSRs主要重复基元以1～3碱基为主,占总EST-SSR的95%以上.在单碱基重复基元中,A/T是占优势的重复基元,在二相重复类型中,AG/CT重复基元出现的频率最多,而AAG/CTF是三相重复中占绝对优势的重复基元.在褐飞虱EST.SSRs中未查找到GC重复基元.以100 bp为参照,在3种查找标准下含有SSR的EST序列中两端侧翼序列均≥100 bp的序列分别为738,89和42个.通过分析褐飞虱EST-SSRs标记可以为褐飞虱和近缘种的SSR标记的开发提供信息,同时通过分析褐飞虱EST-SSRs的分布频率和分布特征可以为昆虫EST-SSRs的研究提供借鉴和参考.
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关键词
褐飞虱生物信息学表达序列标签EST-SSRs查找标准重复基元Nilaparvata lugensbioinformaticsESTEST-SSRssearch qualificationrepeat motif
主题词
虱毛目(Phthiraptera)计算生物学(Computational Biology)研究(Research)表达的序列标记(Expressed Sequence Tags)数据库(Database)
分类号
Q966
栏目名称
研究论文
发布时间
2010-06-29
基金项目
广东省野生动物保护与利用公共实验室基金
国家自然科学基金
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