中华按蚊GR基因家族的全基因组鉴定及特性分析
Whole genomic identification and characteristic analysis of the GR gene family in Anopheles sinensis(Diptera:Culicidae)
摘要[目的]在全基因组水平上鉴定中华按蚊Anopheles sinensis味觉受体(gustatory receptor,GR)蛋白家族基因,分析GR基因家族成员的结构和特征,预测其家族成员可能的生物学功能,为中华按蚊GR基因家族提供信息框架.[方法]从NCBI和Vectorbase数据库中下载冈比亚按蚊An.gambiae、致倦库蚊 Culex quinquefasciatus、埃及伊蚊 Aedes aegypti 和黑腹果蝇 Drosophila melanogaster已知的GR氨基酸序列作为询问序列,通过Blast和HMM方法在全基因组水平上搜索和鉴定中华按蚊的GR家族基因并命名;通过生物信息学方法预测中华按蚊GR基因的基本特征(理化性质、基因结构及基因组定位)、保守结构域及Ka/Ks比值等;通过MEGA软件运用最大似然法构建中华按蚊和冈比亚按蚊GR基因编码蛋白系统发育树.[结果]中华按蚊基因组中共筛选鉴定出54个GR基因.参考冈比亚按蚊分类和基于系统发生关系,将中华按蚊AsGRs分为CO2受体、苦味受体、糖受体和信息素受体4个亚家族,分别有3,40,6和5个受体.其中CO2受体和糖受体聚成一支,信息素受体聚类成一个分支,而苦味受体则分散在整个系统发育树中.54个中华按蚊GR基因定位在Chr.1和Chr.2染色体上;AsGRs的氨基酸数量为128~3 429,分子量是14.85~397.08 kD,理论等电点(pI)为5.16~9.84,亲水性指数(GRAVY)介于-0.023~0.838;54个中华按蚊AsGR基因的外显子数量为1~23个,跨度较大.大部分中华按蚊与冈比亚按蚊直系同源基因对的Ka/Ks比值都小于1,说明中华按蚊GR家族基因在进化过程中主要是受到纯化选择的作用.[结论]本研究对中华按蚊GR基因家族进行全基因组鉴定和特征分析,丰富了中华按蚊基因组数据库,为后续中华按蚊GR基因的功能研究奠定了一定基础.
更多相关知识
- 浏览9
- 被引1
- 下载5

相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文


换一批



