高密度饲养响应下亚洲小车蝗型变相关基因的共表达网络分析
Co-expression network analysis of phase change-related genes in Oedaleus asiaticus(Orthoptera:Oedipodidae)in response to high density rearing
摘要[目的]本研究旨在识别亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus两型转变的关键基因,探讨两型转变的分子机制.[方法]对高密度处理(150头/笼)饲养后型变第1,3,5和7天的亚洲小车蝗3龄蝗蝻进行转录组测序,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)算法分析关键模块的GO和KEGG富集通路,并挖掘核心基因.[结果]利用WGCNA对亚洲小车蝗19 326个unigenes进行分析,共构建出了 20个表达模块.Blue模块的转录因子(transcription factor,TF)表达量相对较高,确定为关键模块.5个核心模块中共有119个TF,25个家族基因.其中,有关型变基因模块的是Royalblue,Purple,Red,Grey60和Brown,从中挖掘到6个亚洲小车蝗型变核心基因JHAMT,JHEH,PHA,TAT,IbHPPD和DDC.关键模块的GO和KEGG富集通路主要包括代谢过程、细胞过程和催化活性,及泛素介导的蛋白水解通路、RNA转运通路和GPI锚定蛋白的生物合成,苯丙氨酸和酪氨酸代谢通路中有1条连通性高且共有的天冬氨酸氨基转移酶基因.[结论]本研究利用WGCNA方法发现许多关键基因的共表达模块,并通过基因之间的连通性能够进一步说明基因与基因之间的网络互作关系,为深入发掘特有的型变基因、探索亚洲小车蝗型变机制奠定基础.
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