摘要[目的]利用纳米孔(Nanopore)测序数据鉴定意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen activated protein kinase,MAPK)信号通路相关基因和全长转录本,并发掘MAPK信号通路相关基因的可变多聚腺苷酸化(Alternative polyadenylation,APA)位点及可变剪接(Alternative splicing,AS)事件,以期加深对意大利蜜蜂MAPK信号通路的认识,为持续深入开展相关基因和剪接体(Isoform)的功能研究提供数据资源和基础.[方法]采用Blast工具将所有全长转录本比对到Nr数据库和KEGG数据库,再根据注释信息筛选出MAPK信号通路相关基因和全长转录本.利用gffcompare软件将MAPK信号通路相关全长转录本与西方蜜蜂参考基因组(Amel_HAv3.1)上注释的转录本进行比较以优化已注释基因结构.采用TAPIS pipeline预测APA位点,并通过MEME软件鉴定所有APA位点上游50 bp的基序(motif).使用Astalavista软件鉴定AS事件并统计不同类型的AS事件数目.通过PCR验证MAPK信号通路相关基因的AS事件.[结果]共鉴定到意大利蜜蜂MAPK信号通路相关的83个基因与443条全长转录本.同时延长了 1个基因的5'UTR和3'UTR,延长了 12个基因的5'UTR,延长了10个基因的3'UTR.共鉴定到52个MAPK信号通路相关基因含有1个及以上的APA位点,并在APA位点上游鉴定到2个motif.共鉴定到MAPK信号通路相关的13个基因的21次AS事件,其中最丰富的类型为外显子跳跃(Exon skipping,ES).PCR结果证实了骨形态发生蛋白受体lb基因的4次ES事件和Ets DNA结合蛋白pokkuri基因的1次ES事件的真实性.[结论]首次鉴定到意大利蜜蜂MAPK信号通路相关的83个基因和446条全长转录本,优化了该信号通路中西方蜜蜂参考基因组已注释的21个基因的结构,发掘出MAPK信号通路相关基因的406个APA位点和52次AS事件,证实了 MAPK信号通路相关基因AS事件的真实性.