摘要目的 对昆明市某医院 2022 年从手足口病患儿分离的柯萨奇病毒A组 16 型(coxsackievirus A16,CVA16)的全VP1 基因区分子特征分析.方法 对昆明市某医院 2022 年从手足口病(hand foot mouth disease,HFMD)患儿200 份临床样品粪便标本进行处理,分别通过RD细胞和Vero细胞分离,对经 3 次培养后仍产生细胞效应(cytopathogenic effect,CPE)的细胞培养液提取病毒核酸,然后用通用引物 222/224 经RT-PCR扩增并测序,序列经BLAST比对确定其血清型,对鉴定为柯萨奇病毒A组 16 型(coxsackievirus A16,CVA16)的再用特异引物CA16VP1F/CA16VP1R扩增其全VP1 区并测序和拼接.下载CVA16 病毒标准序列,采用Geneious 5.4.1 和MEGA 6.05 等软件对本研究CVA16 的全VP1 区的核苷酸和氨基酸序列分析.结果 经鉴定后共检出 22 株从Vero细胞分离CVA16 和 6 株RD细胞分离的CVA16 毒株,进一步通过特异引物扩增获得 21 株可用的CVA16 VP1 全长序列,基于全VP1 基因系统进化分析,这 21 株CVA16 全属于B1a基因型.21 株CVA16 全长VP1 基因之间的核苷酸和氨基酸序列同源性均较高,分别为 91.9%～99.6%和 89.2%～99.3%;与中国CVA16 B1a基因型的其他株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为 89.7%～96.3%和 89.2%～97.0%.与CVA16 B1b其他参考株对比,其核苷酸和氨基酸序列同源性分别在 84.3%～87.2%和 89.2%～97.0%.与其它CVA16 的B1a基因亚型相比较发现 21 个氨基酸位点出现变异.结论 2022 年中国云南省昆明某医院引起HFMD的CVA16 毒株属于B1a基因型,应继续监测以明确其流行特征.