换一批基于高通量测序对大鼠骨髓干细胞及诱导后成骨细胞的环状RNA表达差异分析研究
Study on the differential expression of circular RNAs in high-throughput sequencing analysis of rat bone marrow stem cells and induced osteoblasts
摘要目的:对环状RNA调控大鼠骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cells,BMSCs)及成骨分化的差异表达进行研究,构建大鼠BMSCs全转组录基因数据库,获得特异性基因表达谱,进行功能注释和信号通路等生物信息学分析.方法:采用高通量测序技术检测大鼠BMSCs的成骨分化过程中环状RNA(circular RNA,circRNA)部分的差异性表达.通过基因本体(gene ontology,GO)注释分析以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)进行通路富集分析,对具有差异性表达的环状RNA进行功能注释.结果:在大鼠BMSCs成骨分化过程中,每个样本中预测到的circRNA数量为4230个,每个样本中预测到的特异的circRNA为1820个.高通量测序结果显示,在大鼠BMSCs成骨分化过程中共检测到2822个circRNA;总共检测到29个具有差异性表达的circRNA.结论:发现许多差异表达的circRNA与细胞的成骨分化密切相关.这些差异表达circRNA为潜在调控大鼠BMSCs及成骨分化的分子机制提供线索与依据.
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关键词
骨髓间充质干细胞全转录测序成骨细胞基因分析环状RNAbone marrow mesenchymal stem cellsfull transcriptional sequencingosteoblastsgene analysiscircular RNA
分类号
R780.2（口腔病理学）
栏目名称
DOI
10.19748/j.cn.kqxf.1009-3761.2024.2.002
发布时间
2024-07-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
新疆维吾尔自治区自然科学基金青年科学基金项目（2022D01C752）
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