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口腔鳞状细胞癌预后相关的长链非编码RNA筛选及验证

Screening and Validation of Long Non-coding RNAs Associated with Prognosis of Oral Squamous Cell Carcinoma

摘要目的:基于口腔癌在线数据库鉴定与口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)预后相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和mRNA,构建ceRNA网络,分析其在OSCC发生发展中的作用.方法:从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas program,TCGA)和基因表达综合数据库(gene expression omnibus database,GEO)中筛选出TCGA-OSCC、GSE23558和GSE30784数据集,进行表达谱分析,筛选出差异表达lncRNA和mRNA,并进行生存分析、基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,确定其与 OSCC 预后的相关性.利用 starBase、miRTarBase数据库预测关键lncRNA及mRNA的共同靶标miRNA,以此构建竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络.通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)检测这些关键lncRNA在OSCC细胞系和肿瘤组织中表达水平.结果:表达谱分析鉴定出23个差异表达lncRNA,其中有6个lncRNA与OSCC患者预后相关;mRNA的表达分析鉴定出282个差异表达mRNA,主要富集在三磷酸鸟苷(guanosine triphosphate,GTP)酶激活剂活性、核苷酸结合寡聚化域(nucletide-binding oligomerization domain,NOD)样受体等信号通路,其中10个差异表达的mRNA与OSCC预后相关.ceRNA网络构建了包括6个lncRNA、10个mRNA和靶向预测的26个miRNA分子网络.qRT-PCR结果显示包含LINC01980在内的5个lncRNA在OSCC细胞中高表达,而MIR99AHG低表达.在OSCC组织中,LINC01980表达水平明显升高,而MIR99AHG表达水平降低.结论:本研究筛选的LINC01980和MIR99AHG与OSCC进展和预后相关,可作为OSCC的生物学标志物进一步探讨.

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作者 刘絮影 [1] 李锦存 [2] 翟堃 [3] 胡晨 [3] 董文 [3] 马坚 [4] 学术成果认领
作者单位 宁夏医科大学口腔医学院 宁夏银川 750004 [1] 广西壮族自治区南溪山医院口腔科 广西桂林 541002 [2] 宁夏医科大学总医院口腔颌面外科 宁夏银川 750004 [3] 宁夏医科大学口腔医学院 宁夏银川 750004;宁夏医科大学总医院口腔颌面外科 宁夏银川 750004;宁夏颅颌面畸形研究重点实验室 宁夏 银川 750004 [4]
栏目名称
DOI 10.13701/j.cnki.kqyxyj.2025.02.005
发布时间 2025-03-13(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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口腔医学研究

口腔医学研究

2025年41卷2期

109-117页

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