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质谱SARAMIS软件比对分析功能快速筛查高毒力肺炎克雷伯菌的效果评估

Effectiveness evaluation for rapid screening of hypervirulent Klebsiella pneumoniae by comparison analysis of MS SARAMIS software

摘要目的 评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI?TOF MS)SARAMIS软件快速区分高毒力肺炎克雷伯菌(hvKP)与经典肺炎克雷伯菌(cKP)的能力.方法 收集2020年11月—2021年10月承德医学院附属医院临床分离非重复肺炎克雷伯菌(KP)共199株,采用MALDI?TOF MS技术对KP菌株进行鉴定.PCR扩增peg?344、rmpA和iucA毒力基因,以上述3种基因同时检测阳性作为hvKP区别于cKP的诊断标准.随机取其中90株KP分为hvKP(47株)组和cKP(43株)组,建立快速鉴别hvKP和cKP的筛选模型.菌株经梅里埃质谱仪检测并采集蛋白质图谱,收集两组细菌的蛋白质图谱导入质谱科研库SARAMIS软件进行修饰放大比对分析,肉眼观察上述图谱筛选出有明显差异的蛋白质峰,分别计算有差异的质荷比处蛋白质峰面积(area,A)与强度(intensity,I)的比值(A/I值).将两组细菌的A/I值导入SPSS 26.0软件进行统计分析,利用受试者工作特征(ROC)曲线评估上述有统计学差异A/I值的临床诊断效果.采取盲法对另外109株菌株进行验证研究,评价A/I研究指标鉴别hvKP和cKP的诊断价值.结果 peg?344、rmpA、iucA毒力基因检测显示hvKP占全部菌株的39.7%.筛选模型中,hvKP和cKP两组细菌的相同质荷比处有明显A/I值差异的蛋白质峰分别位于质荷比4154±5、4185±5、4366±5、4765±5处,hvKP和cKP组间比较差异有统计学意义(P<0.01).ROC曲线结果显示,质荷比4154处蛋白质峰的A/I值的曲线下面积(AUC)为0.892,A/I值的临界值为47.87时约登指数最大,诊断效能最高,其敏感性为91.5%,特异性为86.0%,其余3处质荷比蛋白质峰A/I值的AUC均<0.5,诊断价值不高.以质荷比4154处A/I值为研究指标,对另外109株菌进行盲测检验,结果显示质荷比4154处A/I值≥47.87时区分hvKP与cKP的敏感性和特异性分别为87.5%、85.7%.结论 质谱技术能较快速、准确地区分hvKP和cKP,质荷比4154处A/I值≥47.87有望成为预测hvKP的潜在研究指标.首次提出质谱蛋白质峰A/I值作为参数用以鉴定hvKP和cKP,为MALDI?TOF MS应用于快速筛选hvKP提供新思路.

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分类号 R446.5
栏目名称 研究生园地
DOI 10.13602/j.cnki.jcls.2022.11.13
发布时间 2023-02-15
基金项目
承德市科技计划项目
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