换一批基因表达谱确立非梗阻性无精子症的新生物标志物
Findings of new biomarkers for non-obstructive azoospermia by gene expression profile
摘要目的 通过生物信息学研究梗阻性无精子症(OA)和非梗阻性无精子症(NOA)患者的睾丸组织差异基因的表达,为NOA的诊断提供新的标志物.方法 从基因表达综合数据库(GEO)下载无精子症相关基因的芯片数据(GSE45885和GSE9210)并进行GEO2R在线分析,得出NOA相关的差异表达基因(DEGs),利用韦恩图取交集,确定共同DEGs.使用R软件进行DEGs的GO注释和KEGG富集分析.应用STRING构建DEGs相关的蛋白质互作网络(PPI).再利用Cytoscape软件筛选出NOA的最显著的枢纽(Hub)基因,并对其进行可视化处理.采用ROC曲线判断Hub基因对NOA的诊断价值,并在GSE145467数据集进行验证.结果 经筛选共得到83个DEGs,其中78个下调,5个上调.GO富集分析显示DEGs参与的生物过程(BP)有生精细胞的发育和分化、运动纤毛的组装等;细胞组成(CC)主要包括精子鞭毛、运动纤毛、顶体泡、生精细胞核等;分子功能(MF)主要有赋予细胞外基质抗压能力的结构成分、蛋白质结合、热休克蛋白的结合等.KEGG相关通路涉及多个物种长寿调控途径、细胞周期和凋亡、精母细胞的减数分裂等.PPI网络筛选出NOA密切相关的5个Hub基因分别为SPAG5、CCNB2、AURKC、NCAPH、PTTG1.ROC 曲线显示 5 个 Hub 基因均是 NOA 潜在生物标志物.结论 SPAG5、CCNB2、AU-RKC、NCAPH、PTTG1基因可能在NOA的发生发展中起关键作用,可作为NOA的潜在生物标志物.
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关键词
非梗阻性无精子症基因表达综合数据库枢纽基因差异表达基因生物标志物non-obstructive azoospermiagene expression comprehensive databaseHub genedifferentially expressed genebiomar-ker
分类号
R697
栏目名称
DOI
10.13602/j.cnki.jcls.2023.10.16
发布时间
2024-01-18
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