基于NCBI数据库的全球鼠伤寒沙门菌的流行和分布特点

Characteristics of epidemiology and distribution of Salmonella Typhimurium worldwide based on NCBI database

二维码有效期 120s

摘要目的分析全球鼠伤寒沙门菌的流行和分子特点.方法从NCBI数据库批量下载全球沙门菌基因组和相应血清型及meta信息.使用在线软件ResFinder、PlasmidFinder、Mobile Element Finder和MLST分析抗生素耐药基因(ARGs)、质粒、移动遗传元件(MGEs)在鼠伤寒沙门菌中的分布及其序列分型(STs).结果 323株鼠伤寒沙门菌中共检出101种ARGs,其中最常见的是 aac(6')-Iaa(322/323,99.69％),其次为 sul2(155/323,47.99％)、aph(3")-Ⅰb(128/323,39.63％)、aph(6)-Id(127/323,39.32％)、tet(B)(109/323,33.75％)和 blaTEM-1B(106/323,32.82％).共检出 36 种质粒,以 IncFⅡ(S)(110/323,34.06％)和IncFIB(S)(108/323,33.44％)最为常见.另外,鉴定到376个MGEs,包括367种插入序列和9种转座子,以MITEEc1(322/323,99.69％)和ISSen1(308/323,95.36％)最为流行.323株鼠伤寒沙门菌鉴定到32种不同的STs,其中,ST19(157/323,48.61％)和ST34(105/323,32.51％)是最为常见的2种STs,占82％以上.人类来源的115株细菌中鉴定出18种STs,也是以ST19(52/115,45.22％)和ST34(39/115,33.91％)最为常见.结论鼠伤寒沙门菌携带有多种类型的ARGs,并伴有大量插入序列和质粒的流行为耐药的流行播散提供了有利条件,针对该菌应加强感染防控措施.