基于NCBI数据库的粪肠球菌van基因的分布及序列分型分析
Distribution of van genes and sequence typing of Enterococcus faecium based on NCBI database
摘要目的 分析全球范围内粪肠球菌的分布特征、序列分型(ST)及van基因的分布情况,为糖肽类耐药菌株的感染防控与临床治疗提供参考.方法 使用Aspera软件从NCBI批量下载截至2023年12月7日的所有粪肠球菌基因组序列数据,并通过Perl程序从下载的基因组序列文件中获取所有基因组的核苷酸序列和菌株元信息.耐药基因van的序列数据来自NCBI病原细菌耐药基因数据库,并通过BLASTN软件比对分析,以确定van耐药基因在各基因组中的分布情况.从pubMLST网站下载粪肠球菌的7个管家基因的等位基因序列文件,并使用自主开发的ST_tool工具对所有菌株进行ST.结果 共获得2 781株粪肠球菌基因组数据,分离时间跨度从1920年至2023年,整体分离率2019年达到最高峰.按地域分布,中国、美国和新西兰的粪肠球菌分离数量位居前三,分别占比15.61%(434株)、12.87%(358株)和5.57%(155株).共771株菌株来源于人类样本,主要分离自尿液(168株)、粪便(154株)和直肠拭子(69株).2 781株粪肠球菌共鉴定出359种ST,其中ST16(188株,7.29%)、ST6(178株,6.90%)和ST179(150株,5.82%)为主要分型.美国、中国和新西兰的优势流行分型分别为ST6(10.71%)、ST16(9.59%)和ST108(67.10%).此外,282株粪肠球菌携带糖肽类耐药基因,主要为vanA型(207株)和vanB型(72株),其中ST108(100株)和ST6(43株)分别为vanA型和vanB型的主要流行分型.结论 全球粪肠球菌分布存在显著的地域差异,糖肽类耐药基因vanA型和vanB型在耐药菌株中较为普遍,且表现出多重耐药的进化趋势,提示临床需加强监测与防控措施.
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