换一批基于生物信息学分析的成人溃疡性结肠炎关键基因预测
Prediction of key genes in adult ulcerative colitis based on bioinformatics analysis
摘要[目的]通过生物信息学方法挖掘溃疡性结肠炎(ulcerative colititis,UC)致病关键基因.[方法]从公共基因芯片数据平台下载GSE53306和GSE38713基因芯片数据集,对UC活动期患者、UC静止期患者和健康志愿者进行分析筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs);其中GSE53306包含16例UC活动期、12例UC静止期和12例健康志愿者,而GSE38713包含15例UC活动期、8例UC静止期和13例健康志愿者.使用R软件limma包筛选DEGs,设定阈值为基因表达差异倍数(fold change,FC)对数(Log2 FC)的绝对值≥2且P＜0.05.然后使用DAVID数据库对靶基因进行富集分析,进一步应用STRING数据库进行构建蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),应用Cytoscape对模块中的共表达关系进行可视化和筛选关键基因.最后,将筛选出的关键基因使用GSE3365和GSE9452数据集验证其在UC患者和健康志愿者外周血及肠黏膜上皮中的表达差异.[结果]筛选得到21个DEGs,富集分析的结果显示DGEs定位在细胞质和细胞骨架,分子功能主要与蛋白水解酶正负调节相关;p53和白细胞介素17调控的信号通路可能参与了疾病的发生、发展.通过PPI筛选出SPINK4、REG4、GUCA2B等若干与UC相关联的候选基因,发现SPINK4和REG4在UC患者外周血细胞相较于健康志愿者表达上调.[结论]生物信息学方法帮助筛选出若干与UC相关的DEGs,为进一步研究UC发病机制提供了方向.
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关键词
结肠炎,溃疡性生物信息学差异表达基因富集分析蛋白质相关作用网络colitis,ulcerativebioinformaticsdifferentially expressed genesenrichment analysispro-tein-protein interaction network
栏目名称
DOI
10.3870/lcxh.j.issn.1005-541X.2024.04.004
发布时间
2024-09-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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