基于血管新生调控的肝纤维化分子机制及其天然活性成分筛选
Molecular Mechanism of Liver Fibrosis Based on Angiogenesis Regulation and Screening of Natural Active Ingredients
摘要目的 从血管新生的角度探究其在肝纤维化发生发展过程中潜在的分子机制,寻找具有临床和治疗意义的生物标志物.方法 通过基因综合表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)和GeneCards数据库分别检索肝纤维化相关数据集和血管新生相关基因(angiogenesis-related genes,ARGs).从 GEO 数据库下载 GSE85546、GSE85547、GSE85548数据集,通过去批次效应将数据标准化处理.使用WGCNA加权基因共表达网络分析挖掘到肝纤维化潜在候选基因,并与筛选后的ARGs交互以确定交集基因,应用GO和GSEA分析进一步研究生物过程和途径.使用LASSO回归筛选出与肝纤维化患者血管生成密切相关的生物标志物,使用ROC曲线分析对关键生物标志物的诊断价值验证.利用比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)根据筛选后的靶点寻找相匹配的天然化合物,计算分子结合能以验证可靠性.结果 WGCNA分析获得73个肝纤维化枢纽基因,与血管新生高分基因交互得到交集基因17个,GO分析显示与1000个生物过程,220个细胞成分,216个分子功能有关.通过LASSO-COX获取6个诊断性基因:SP100、ANXA1、NOS2、RNASE1、PLG和TTR,ROC分析表明该模型具有良好的预测性.将6个诊断性基因通过CTD数据库进行匹配,根据分子间相互作用强度收集到21个候选化合物,利用网络图联合分子对接验证显示靶点分别与化合物水飞蓟素、姜黄素、山柰酚、槲皮素、白藜芦醇、木黄酮的结合活性较好,预测准确性较高,其中木黄酮对接结果最佳,可能对治疗肝纤维化血管生成具有重要意义.结论 该研究通过生物信息学手段和药物规律分析,从血管新生角度治疗肝纤维化方向上提供基础理论与数据支持,为寻找肝纤维化治疗靶点药物的研究提供一个新的切入点.
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