换一批
换一批结直肠癌组织联合单细胞转录组测序筛选结直肠癌特异性细胞通讯
BulkRNA-Seq combined with scRNA-Seq screens colorectal cancer-specific cellular communications
摘要目的 结直肠癌组织联合单细胞转录组测序筛选特异性细胞通讯.方法 首先从GEO数据库下载结直肠癌组织测序数据(GSE110225、GSE87211)和单细胞测序数据(GSE132465);接着利用R语言limma包对组织测序数据进行差异分析,并对差异基因进行功能富集分析,STRING数据库和Cytoscape软件筛选核心基因;最后TSNE降维法对单细胞测序数据进行细胞注释,R语言CellChat包做结直肠癌细胞通讯分析,确定核心基因中参与的核心细胞通讯,并加以分析.结果 获得结直肠癌差异基因 303 个,功能富集在趋化因子介导的信号通路、细胞对趋化因子的反应等方面;信号通路主要富集在细胞因子和受体的相互作用、趋化因子信号通路等方面;筛选后获得 15 个核心基因,主要参与趋化因子(Chemokine C-X-C motif lig-and,CXCL)细胞通讯,巨噬细胞、单核细胞和成纤维细胞是信号发出者,内皮细胞是媒介,T细胞、B细胞和组织干细胞是影响者.结论 CXCL信号通路在结直肠癌的发生发展中起着重要的细胞通讯作用.
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关键词
结直肠癌单细胞RNA测序细胞-细胞通讯肿瘤微环境Colorectal cancersingle-cell RNA sequencingcell-cell communicationtumour microenvironment
分类号
R735.34
栏目名称
论著
发布时间
2024-06-26
基金项目
黑龙江省自然科学基金项目
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