换一批
换一批亚洲棉和雷蒙德氏棉MATE基因家族生物信息学及其同源基因在陆地棉中的表达分析
Bioinformatic Analysis of the Multidrug and Toxic Compound Extrusion Gene Family in Gossypium arboreum and Gossypium raimondii, and Expression of Orthologs in Gossypium hirsutum
摘要多药和有毒化合物排出(MATE)蛋白家族是1个次级转运蛋白家族.为了更好地了解亚洲棉和雷蒙德氏棉中MATE蛋白的种类和数量,利用2种二倍体棉花基因组的氨基酸和cDNA数据库对MATE基因家族进行筛选,并分析亚洲棉和雷蒙德氏棉全基因组中MATE基因的种类和进化关系.结果显示,在亚洲棉基因组中初步鉴定了34个MATE基因,而在雷蒙德氏棉中筛选出42个MATE基因.基因结构和系统进化的比较分析表明,进化关系近的MATE基因在结构上基本是一致的.同时对陆地棉中克隆的GhTT12及与其同一族的部分MATE基因进行荧光定量分析,推测其所在同一族的MATE基因功能可能与转运原花青素有关.这些结果为进一步深入分析棉花MATE基因的功能以及在原花青素转运中的作用提供了理论基础.
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关键词
亚洲棉雷蒙德氏棉陆地棉MATE基因家族基因结构系统进化分析荧光定量PCRGossypium arboreumGossypium raimondiiGossypium hirsutummultidrug and toxic compound extrusion gene familygene structurephylogenetic analysisqRT-PCR
分类号
S562.03
栏目名称
DOI
10.11963/issn.1002-7807.201603004
发布时间
2016-07-05
基金项目
安徽省"115"产业创新团队（皖人才办[2011]2号）；
安徽省生物学重点学科（2014SWQJ009）
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