换一批尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性CTL表位的预测、筛选及鉴定
Prediction, screening, and identification of HLA-A2.1 -restricted CTL epitopes derived from Ewing's sarcoma EWS-FLH fusion protein
摘要目的 预测、筛选及合成尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性细胞毒性T淋巴细胞(Cytotoxic T Lymphocyte,CTL)表位,初步鉴定EWS-FLI1表位肽.方法 综合运用BIMAS、SYFPEITHI、Predep和IEDB方案对EWS-FLII蛋白进行HLA-A*0201限制性CTL表位的预测,应用多项式方案、量化基序方案对预测的CTL表位进行筛选,并将筛选的CTL表位与HLA-A*0201分子进行动力学模拟,应用标准Fmoc方案合成CTL表位肽;通过表位多肽刺激CTL释放颗粒溶素的检测,以及靶细胞杀伤实验验证表位多肽的免疫效应.结果 综合预测得出了8个可能的表位肽,进一步筛选确定其中4个肽为候选合成表位,应用分子动力模拟初步验证了4个候选表位肽与HLA-A2.1分子的结合力,合成的各条肽经色谱分析纯度均在98%1;2上,经质谱分析各肽的分子量测定值与理论值相符,颗粒溶素释放实验及靶细胞杀伤实验证实了筛选的表位均能产生刺激效应,其中,表位肽QIQLWQFLL(EWS-FLI1 304)的刺激效应最为显著.结论 综合运用多个方案可提高预测效率,分子动力学模拟可初步验证表位肽与HLA-A*0201 的结合力,所合成的多肽为高纯度肽,通过免疫学实验初步鉴定了EWS-FLI1的表位.
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关键词
CTL表位多肽合成尤文肉瘤EWS-FLI1分子动力模拟CTL epitopePolypeptide synthesisEwing's sarcomaEWS-FLI1Molecular dynamics simulation
栏目名称
发布时间
2010-03-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（30760254）
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