换一批德汉劳绵蟹(Lauridromia dehaani)线粒体基因组测定及短尾下目系统发生分析
First Complete Mitochondrial Genome of Lauridromia dehaani and Phylogenetic Analysis of Brachyura
摘要本研究使用高通量测序方法首次获得德汉劳绵蟹(Lauridromia dehaani)的线粒体基因组全序列,确定其线粒体基因组是一个环状DNA,全长15,755 bp,包含37条基因.通过分析比较德汉劳绵蟹线粒体基因组的tRNA二级结构、蛋白编码基因的碱基组成、起始/终止密码子和选择压力,发现trnS1缺失DHU臂,这种现象在短尾类线粒体基因组中比较常见;不同功能的蛋白编码基因的碱基组成和选择压力不同;cox1以不常见的ACG作为起始密码子;在多个基因重排断裂点处有长达32 bp以上的间隔序列(最长达130 bp),借此推断发生基因重排的路径.与短尾下目线粒体基因组的祖先排列顺序相比,德汉劳绵蟹呈现一种新的基因排列模式,涉及nad6、cob、trnH、trnF、trnS2和trnT等6条基因的重排.使用蛋白编码基因和rRNA基因的联合数据集进行系统发生分析,结果生成了强健的系统发生树,支持短尾下目的各派及亚派之间的关系:(绵蟹总科,人面蟹总科),(蛙蟹总科,真短尾派).另外,两种绵蟹共享短尾类的线粒体基因组中trnH易位特征,并在系统发生树与人面蟹总科的物种形成姐妹群关系,成为短尾下目的基部分支,再次证明绵蟹归置于短尾下目.
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