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基于生物信息学分析的食管癌miRNA-mRNA调控网络的初步构建

The Preliminary Construction of MiRNA-mRNA Regulatory Network in Esophageal Cancer Based on Bioinformatics Analysis

二维码有效期 120s

摘要目的:用生物信息学分析方法初步构建食管癌miRNA和mRNA的调控网络,探索其在食管癌中的分子调控机制.方法:从GEO下载数据集GSE114110(n10 T30),GSE59973(n3 T3)使用GEO2R进行差异表达基因分析,使用R语言软件probezsylnbol做热图分析;再通过GEOR2对食管癌差异mRNA进行分析及funrich对miRNA靶基因预测和mRNA预测取交集,使用DAVID和Cytoscape中的插件CluGO进行GO富集分析,最后通过下载预后数据绘制miRNAs的Kaplan-Meier生存曲线.结果:从GSE114110和GSE59973中取交集共获得7个差异表达miRNAs,miR-34c-5p、 miR-455-3p、 miR-455-5p、miR-944属于高频上调表达的miRNAs,miR-139-5p、miR-1、miR-133b属于高频下调表达的miRNAs;miRNAs主要富集于转录因子活性,转运蛋白活性等;并筛选出56个靶基因,构建了食管癌miRNA-mRNA分子调控网络,并筛选出结合和发挥作用的mRNAs,其功能主要富集为转录抑制子活性,RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合等.其中4个与mRNAs有靶向结合的miRNAs预后分析表明miR-455-5p、miR-34c-5p、miR-455-3p的高表达及miR-133b低表达患者的总体生存时间缩短.结论:通过数据库挖掘方法构建的miRNA-mRNA调控网络,发现miR-455-5p、miR-34c-5p、miR-455-3p及miR-133b参与食管癌的发生和发展,且与不良预后相关,为研究食管癌发病机制、探索联合miRNA及其靶基因mRNA作为临床诊断标志物及预后提供了可靠的研究方向.

作者谢玉芳 ^[1] 李疆芬 ^[1] 江辰昊 ^[1] 张安志 ^[1] 袁鑫 ^[1] 李范平 ^[1] 梁伟华 ^[1] 李曼 ^[1] 沈西华 ^[1] 李丽 ^[1] 崔晓宾 ^[1] 杨兰 ^[1] 张海俊 ^[1] 庞丽娟 ^[1] 刘春霞 ^[1] 李锋 ^[2] 胡建明 ^[1] 学术成果认领

作者单位石河子大学医学院病理系/石河子大学医学院第一附属医院病理科,新疆石河子,832002 ^[1] 石河子大学医学院病理系/石河子大学医学院第一附属医院病理科,新疆石河子,832002;首都医科大学附属北京朝阳医院病理科,北京,100016 ^[2]

关键词食管癌 GEO数据库 miRNA mRNA 调控网络

分类号 R392.3（医学免疫学）

栏目名称

基础与临床研究

DOI 10.3969/j.issn.1008-1127.2020.03.001

发布时间 2020-10-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

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