换一批铁死亡相关基因在头颈癌中的表达及临床意义
Expression of Ferroptosis-related Genes in Head and Neck Cancer and Its Clinical Significance
摘要采用生物信息学方法探索与头颈鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)组织中铁死亡相关的基因,并探讨其与免疫细胞浸润及患者预后的相关性,为 HNSCC 患者提供新的分子靶点.通过 GEO 数据库检索筛选得到基因微阵列数据集 GSE228393,对 GSE228393 数据集进行 GEO2R 分析获得差异表达基因;通过 TCGA 获取 HNSCC 的高通量测序数据,利用 R 语言进行差异分析,利用 FerrDb数据库检索得到铁死亡相关基因与 GSE228393 及 TCGA 数据库差异基因取交集,对交集基因进行 GO 与 KEGG 功能富集分析获取相关信号通路,并进行蛋白互作分析、生存分析以及免疫浸润分析.结果表明,有 6 个铁死亡相关基因 FADS1、CA9、PDK4、IDO1、NOX4、AR 在数据集中差异表达,且与 HNSCC 患者的总生存期(overall survival,OS)及免疫细胞浸润密切相关;功能富集分析表明基因功能主要富集在细胞程序性死亡的正向调控;KEGG 通路主要富集在 HIF-1 信号通路;差异表达的基因在HNSCC 中有一定突变率.基于肿瘤生物信息学的分析发现,铁死亡相关基因在 HNSCC 组织中的表达水平与正常组织有差异,且表达水平与免疫细胞浸润及肿瘤预后具有相关性,可作为 HNSCC 预后标志物以及基因治疗靶点.
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