基于Label-free技术的非小细胞肺癌蛋白质差异研究

Protein Difference in Non-small Cell Lung Cancer Based on Label-free Technique

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摘要目的基于非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)及与其配对的非癌性邻近组织(non-cancerous adjacent tissues,NATs)的蛋白质组学分析,寻找NSCLC诊断相关蛋白标志物.方法应用非标记定量蛋白组学(LFP)技术,以NSCLC患者配对的NATs为对照,对5例NSCLC患者进行癌组织蛋白质组学分析.以差异倍数＞1.5(上调)或＜0.67(下调)且P＜0.05为标准筛选差异蛋白.应用String网站和R语言对差异蛋白进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclo-pedia of Genes and Genomes,KEGG)分析,为进一步研究提供良好基础.结果本研究发现差异蛋白共644个,其中339个蛋白表达上调,305个蛋白表达下调.PCA结果显示,差异蛋白可明显区分NSCLC与NATs.GO分析结果表明,差异蛋白大多以细胞外泌体的形式存在且主要富集于调节胞外分泌、胞外分泌、骨髓细胞激活参与免疫反应等的生物学过程以及钙粘着蛋白绑定、细胞外基质绑定等的分子功能.KEGG分析结果显示,差异蛋白主要富集在抗坏血酸和醛酸代谢、组氨酸代谢、蛋白质消化吸收、丙酮酸代谢等通路(P＜0.05).结论 NSCLC与NATs存在明显差异,可为发现NSCLC新型标志物提供线索.