基于TCGA数据库分析SSBP1基因在肝细胞癌中的表达及预后
Expression and Prognosis of Mitochondrial Single-Stranded DNA-Binding Protein 1 Gene in Hepatocellular Carcinoma Based on TCGA Dataset
摘要目的 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库研究SSBP1 基因在肝细胞癌(HCC)组织中的表达情况,并探讨SSBP1 基因表达量与患者临床病理特征及预后的相关性.方法 基于TCGA数据库提取 374 例HCC组织及 50 例正常肝组织中SSBP1 基因表达量数据、患者的临床病理参数资料,利用R 4.1.2 分析SSBP1 在HCC中的表达情况及其与HCC患者的临床病理特征和预后的相关性,通过基于基因表达水平值的交互式分析平台(GEPIA)数据库和R 4.1.2 联合分析SSBP1 在HCC各临床病理分期间的表达差异,利用TIMER数据库分析SSBP1 表达与免疫细胞浸润的相关性,通过R软件pROC程序包制作ROC生存曲线评估SSBP1 表达量对HCC的诊断效果.结果 TCGA数据库分析表明,无论是配对样本还是非配对样本,SSBP1 mRNA在HCC组织中的表达水平均高于正常肝组织(P均<0.001),且表达水平与性别和M分期有关(P均<0.05),与年龄、T分期、AJCC分期等无关(P均>0.05).进一步进行单因素和多因素Cox回归分析发现,SSBP1 高表达是影响HCC患者总生存期(OS)的独立危险因素(HR=1.713,P=0.016).免疫细胞浸润分析发现,HCC组织中SSBP1 表达与幼稚B细胞浸润水平呈负相关,而与记忆B细胞和巨噬细胞呈正相关(|r|>0.2,P均<0.05).ROC曲线分析显示,SSBP1 mRNA表达水平对HCC的早期诊断和预后均具有良好的评估价值(AUC>0.50).结论 SSBP1 mRNA在HCC中的表达增高,且高表达是预后不良的独立危险因素,同时SSBP1 对HCC具有良好的诊断价值,可成为HCC患者预后判断一种潜在的分子标志物以及免疫治疗的潜在靶点.
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