换一批
换一批基于随机森林算法筛选破裂性腹主动脉瘤的铁死亡特征基因
Screening ferroptosis genes in ruptured abdominal aortic aneurysm based on random forest algorithm
摘要目的 探索铁死亡相关基因在稳定性腹主动脉瘤(eAAA)与破裂性腹主动脉瘤(rAAA)组织中的表达情况,筛选出rAAA的铁死亡特征基因,为进一步揭示rAAA的分子机制提供新思路.方法 通过GEO数据库下载GSE98278 数据集,并从FerrDb数据库下载铁死亡相关基因集(FRGs).采用R 4.1.1 软件进行数据分析,通过Limma包获得eAAA和rAAA组织中的铁死亡相关差异表达基因(FDEGs);使用clusterProfiler包和Cytoscape中的ClueGO,对FDEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能注释分析.使用随机森林算法对FDEGs进行分类重要性排序,确定重要性评分Top 3 的基因为rAAA的铁死亡特征基因,分析特征基因在eAAA和rAAA间的表达差异,并绘制诊断性ROC曲线评估其对rAAA的诊断价值.结果 使用随机森林算法筛选出3 个rAAA的铁死亡特征基因(SLC39A14、NDRG1 和TRIM21).相比eAAA,SLC39A14、NDRG1 在rAAA组中高表达,而TRIM21 在rAAA组中低表达(P<0.05).结论 SLC39A14、NDRG1 和TRIM21 是rAAA的铁死亡特征基因,可能为其发病机制及防治的研究提供新思路.
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