换一批酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析
Screening and bioinformatics analysis of key autophagy-related genes in alcoholic hepatitis
摘要目的 筛选酒精性肝炎(AH)的自噬关键基因,探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点.方法 采用基因表达综合数据库(GEO)中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)获取关键基因.对筛选的关键基因进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,蛋白质相互作用(PPI)分析,免疫浸润分析,构建信使RNA(mRNA)-微小RNA(miRNA)网络,进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析,并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-qPCR)在AH患者和小鼠肝脏组织中验证.结果 本研究筛选得到了 11 个与 AH自噬相关的基因(EEF1A2、CFTR、SOX4、TREM2、CTHRC1、HSPB8、TUBB3、PRKAA2、RNASE 1、MTCL1、HGF),均为上调基因.在AH患者和小鼠肝脏组织中,SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组.结论 SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点.
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关键词
酒精性肝炎自噬关键基因生物信息学加权基因共表达网络分析(WGCNA)基因本体(GO)京都基因和基因组百科全书(KEGG)蛋白质相互作用(PPI)Alcoholic hepatitisAutophagyKey geneBioinformaticsWeighted gene co-expression network analysis(WGCNA)Gene ontology(GO)Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)Protein-protein interaction(PPI)
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1674-7445.2023163
发布时间
2024-03-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
广东省自然科学基金面上项目（2019A1515011850）
广东省自然科学基金面上项目（2022A1515012224）
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