基于单细胞转录组学分析胰岛缺血性损伤分子机制及核心转录因子的鉴定

Analysis of the molecular mechanism of pancreatic islet ischemic injury and identification of core transcription factors based on single-cell transcriptomics

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摘要目的探讨胰岛移植损伤过程中的分子机制和细胞间相互作用.方法使用炎症因子处理的小鼠胰岛的单细胞转录组数据,基于Seurat包进行数据处理,并通过整合数据以去除批次效应.根据已知标志物对各个细胞亚群进行注释.基于CellChat包对炎症因子处理组中的细胞互作进行分析,基于细胞表面受体和配体的表达情况推断细胞间的相互作用.使用基因集富集分析明确炎症因子处理后β细胞中富集的生物过程.最后鉴定出差异表达的转录因子,并使用供者胰岛缺血性损伤的微阵列数据集以及蛋白质印迹法进行验证.结果在小鼠胰岛中共发现了 7个不同的细胞亚群,其中β细胞占据的比例最大.细胞互作网络分析结果显示,导管细胞与其他细胞之间的相互作用数量和强度最高.基因集富集分析结果显示,炎症因子处理后,β细胞中的免疫反应正向富集,而肽类激素、胆汁酸代谢以及离子稳态下调.在小鼠的单细胞转录和供者胰岛缺血性损伤的微阵列数据集中鉴定出共同的差异转录因子早期生长反应因子 1(EGR1)、核因子-κB抑制因子α(NFKBIA)、转录激活因子3(ATF3).其中,NFKBIA、ATF3表达上调,EGR1表达下调.EGR1蛋白表达量在冷缺血 24 h、48 h及 72h后下调.结论 EGR1为与胰岛冷缺血密切相关的转录因子,未来的研究应重点探讨EGR1及其下游靶基因的具体机制,以期为胰岛移植的临床治疗提供更有效的策略.