基于生物信息学分析TMPO基因在肺癌中的表达及临床预测价值
Bioinformatics-based analysis of the expression and clinical predictive value of TMPO gene in lung cancer
摘要目的:基于生物信息学研究方法分析TMPO基因在肺癌中的表达,评估其与肺癌诊断及预后评估方面的相关性.方法:以GTEx和TCGA数据库为发现数据库,获得健康人群以及肺癌患者的RNA-seq测序结果,绘制箱式图及配对点图展示TMPO基因在肺癌组织及正常组织中的差异化表达.绘制受试者曲线评估TMPO基因用于肺癌的诊断效能.根据TMPO基因表达水平的中位数将肺癌患者区分为TMPO低表达和高表达两组,研究患者的临床病理特征与TMPO基因表达水平的关系.使用Kaplan-Meier Plotter数据库绘制生存曲线,探究TMPO基因的高低表达与肺癌患者生存状况的关系.进一步通过单因素及多因素COX回归分析,筛选出TMPO表达水平为影响患者预后的独立危险因素.结果:肺癌患者的TMPO的表达水平为5.20(4.67~5.79),明显大于正常组织组中的4.29(4.04~4.63),差异具有统计学意义(P<0.05);同样的,在107对配对组织中,TMPO基因在肺癌组织中的表达水平5.50(4.78~6.16)也明显高于对应的癌旁正常组织TMPO的表达水平4.64(4.39~4.84),差异具有统计学意义(P<0.05);受试者曲线的结果表明TMPO用于诊断肺癌有着较高的敏感性[曲线下面积=0.842,95%置信区间为(0.822~0.862)];在针对TMPO基因表达和肺癌患者临床病理特征的关系研究中发现TMPO高表达的肺癌患者相比TMPO低表达的有着更晚的临床分期、T分期以及N分期,差异具有统计学意义(P<0.05);TMPO基因高表达的肺癌患者总体生存期以及无进展生存期也短于TMPO基因低表达的患者;此外,单因素及多因素COX回归分析,最终筛选出临床病理分期、T分期以及TMPO表达水平为影响患者预后的独立危险因素.结论:TMPO有潜力成为用于肺癌诊断和预后评估的新型生物学标志物.
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