摘要目的：雌／孕激素受体（estrogen receptor／progesterone receptor，ER／PR）和癌基因人表皮生长因子受体2（hu-man epidermal growth factorreceptor2，HER2）与乳腺癌的发生和发展密切相关，其表达状态是乳腺癌分子分型、治疗方案选择和预后预测的重要依据。为了深入探讨 ER／PR／HER2在乳腺癌发生和恶性演进中的意义及相关机制，拟建立ER／PR／HER-2阴性和阳性乳腺癌的蛋白质表达谱，寻找 ER／PR／HER-2阴性和阳性乳腺癌中差异表达蛋白，为乳腺癌患者提供新的预后预测指标和治疗新靶点。方法应用蛋白质组学同位素相对标记与绝对定量（isobaric tags for rela-tive and absolute quantitation，iTRAQ）技术建立 ER／PR／HER-2阳性和阴性乳腺癌的蛋白质差异表达谱，鉴定2组乳腺癌的差异表达蛋白，对部分差异表达蛋白进行生物信息学分析，包括蛋白功能注释、基因本体论分类分析（gene ontology classification analysis，GO 分析）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of gene and genome，KEGG）通路分析。结果应用 iTRAQ 蛋白质组学技术对乳腺癌组织进行了蛋白组学分析，鉴定出 ER／PR／HER-2阳性和阴性组间有差异表达的蛋白4999种，以 ER／PR／HER-2阳性∶ER／PR／HER-2阴性≥3为上调标准，确定 ER／PR 阳性组上调蛋白73种。以 ER／PR／HER-2阳性∶ER／PR／HER-2阴性≤0．5为下调标准，ER／PR／HER-2阳性组下调蛋白58种。GO 分析结果显示，ER／PR／HER-2阴性和阳性乳腺癌差异表达蛋白的分子功能、生物过程和细胞定位较为复杂，并且在上调蛋白和下调蛋白上存在分布差异。KEGG 通路分析发现，部分差异表达蛋白涉及200条信号通路。结论 ER／PR／HER-2阳性和阴性乳腺癌间存在差异表达蛋白，这些蛋白涉及复杂的分子功能、生物过程和信号通路，可能与 ER／PR／HER-2的表达状态有关。