甲状腺癌细胞周期相关长链非编码RNA预后特征的构建及机制分析
Construction and mechanistic analysis of a cell cycle-related long non-coding RNA prognostic signature in thyroid carcinoma
摘要目的 构建预测甲状腺癌(TC)的细胞周期相关 lncRNA 预后特征(CCRLSig)并探讨其预后价值及机制.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)和分子特征数据库(MSigDB)中分别下载 TC 的表达谱数据和细胞周期相关基因,通过 Pearson 相关性分析鉴定细胞周期相关 lncRNAs(CCR-lncRNAs),根据单因素 Cox 和 LASSO-Cox 回归分析构建用于预测 TC 预后的细胞周期相关 lncRNA 特征(CCRLSig),采用Kaplan-Meier 生存曲线和时间依赖的受试者工作特征曲线(ROC)验证该特征预后能力,通过基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析探讨该特征影响预后的潜在机制,用 xCell 分析该预后特征与免疫细胞浸润之间的关系.结果 成功构建了一个包含 8 个 CCR-lncRNAs(DIO3OS、FGF10-AS1、PARAL1、LINC01705、FAM181-AS1、DPP4-DT、TMEM44-AS2 和 LRRK2-DT)的预后特征用于预测 TC 的预后,Kaplan-Meier 生存分析显示低风险组较高风险组具有一个较好的预后(P<0.05),ROC 曲线表明该特征具有良好的预后能力,功能富集分析表明该特征通过细胞周期和免疫相关途径影响 TC 的进展,免疫浸润分析表明该特征的风险评分与多种免疫细胞浸润密切相关.结论 本研究构建的CCRLSig 能够有效地预测 TC 患者的预后,其可通过细胞周期及肿瘤免疫相关机制影响 TC 进展.
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