换一批基于SwissPdbViewer和MATLAB对东北虎Sox蛋白三级结构建模及分析
Modeling Tertiary Structures of Sox Protein in Panthera tigris altaica Based on SwissPdbViewer and MATLAB
摘要SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域.为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinfonnatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息,以三级结构已知的SOX2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构.结果显示PtSox蛋白的HMG-box由3个α-螺旋和2个loop区构成;热稳定性分析表明PtSox蛋白loop区的热力学结构不稳定;表面静电分布显示出PtSox蛋白C-端的中间有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔,上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关.
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关键词
SOX蛋白MATLAB同源建模三级结构东北虎Sox proteinMATLABhomology modelingtertiary structurePanthera tigris altaica
栏目名称
发布时间
2009-02-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
博士研究生创新基金（2007053）
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